Dans son discours d’ouverture de la 150e session du Conseil exécutif de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), le Directeur général Tedros Adhanom Ghebreyesus a prévenu que les conditions étaient idéales pour l’émergence de nouveaux variants. Il a ajouté que si les pays agissaient collectivement, ils avaient le pouvoir de modifier la trajectoire de la pandémie.
Les commentaires du Directeur général cette semaine font suite à la détection d’environ 8.000 nouveaux cas d’un sous variant d’Omicron désigné BA.2 dans plus de 40 pays. Certains scientifiques l’ont également surnommé l’«Omicron furtif», car il ne peut être confirmé comme BA.2 que par séquençage génétique. Par conséquent, l’incidence exacte reste spéculative, mais elle est jugée encore très faible. Le variant a été signalé pour la première fois en novembre alors que le sous-variant originel BA.1 explosait en Afrique du Sud. Son origine géographique précise reste inconnue, mais il a également été détecté pour la première fois en Afrique du Sud.
La souche Omicron (BA.1), également désignée par B.1.1.529, présente un abandon du gène S ou une défaillance du gène S visé. Un test PCR très répandu est incapable de détecter ce gène parmi trois gènes cibles, ce qui signifie que si les tests PCR n’ont pas cette cible alors qu’une infection a eu lieu, on suppose que c’est le variant Omicron qui est à l’origine de l’infection. Le variant Alpha qui a dominé le Royaume-Uni en décembre 2020 partageait cette caractéristique, et on a utilisé cette défaillance du gène «S» pour suivre sa propagation avec les tests PCR. Le sous-variant BA.2 maque complètement ce gène «S», ce qui le rend plus difficile à suivre.
Selon une déclaration récente du Statens Serum Institute (SSI), la principale académie de santé publique du Danemark, le BA.2 se propage 1,5 fois plus vite que le BA.1. «Les calculs préliminaires indiquent que le BA.2 est effectivement bien plus d’une fois et demie plus contagieux que le BA.1», écrit l’institut, la propagation étant la plus rapide chez les enfants.
Omicron a déjà frappé les enfants avec férocité. Un récent Reportage en Afrique du Sud a montré que les hospitalisations pédiatriques étaient près de 50 pour cent plus élevées que lors de la vague Delta. Les enfants de moins de cinq ans ont été admis à des taux supérieurs à ceux des personnes âgées. Au Royaume-Uni, les hospitalisations d’enfants de 6 à 17 ans étaient 2,3 fois supérieures au record de l’hiver dernier.
Comme BA.1, le nouveau sous-variant ne semble pas avoir le même impact clinique que Delta sur les personnes infectées, bien que des infections antérieures étendues et une vaccination élevée de la population semblent diminuer la virulence de ces sous-variants. Les données sur la virulence et l’efficacité des vaccins doivent encore être évaluées avant de pouvoir établir de véritables comparaisons.
La Dre Tyra Grove Krause, épidémiologiste et spécialiste en médecine de santé publique au SSI, a déclaré: «C’est le variant Omicron qui est le moteur de l’épidémie en ce moment. Nous estimons que plus de 99 pour cent de tous les cas de COVID-19 au cours de la troisième semaine [de janvier 2022] sont dus à Omicron. Les données montrent qu’il se propage plus rapidement, mais qu’il présente un risque moindre d’épidémies graves par rapport à Delta. Dans le même temps, nous pouvons constater une différence marquée dans le risque d’hospitalisation entre les vaccinés et les non-vaccinés. Les vaccinés sont mieux protégés contre l’hospitalisation, même s’ils sont infectés par le variant Omicron».
La moyenne actuelle des hospitalisations sur sept jours au Danemark s’approche des sommets de la pandémie, à 822, mais les admissions dans les unités de soins intensifs ont tendance à diminuer depuis début janvier. Toutefois, le simple fait de compter les admissions dans les unités de soins intensifs peut fausser le tableau réel, car le Danemark compte sur les maisons de soins infirmiers de longue durée, selon le Dr Eric Feigl-Ding. Les nouvelles infections atteignent des sommets pandémiques avec 43.719 cas le 26 janvier 2022. Les décès quotidiens, bien que restant faibles en général, sont repartis à la hausse avant les vacances de Noël et ont maintenant dépassé la première vague d’avril 2020.
Le BA.2 plus contagieux étant dominant au Danemark, la vague actuelle pourrait se prolonger jusqu’en février. Toutefois, il reste à voir si le BA.2 supplantera le BA.1, qui est actuellement responsable de 98 pour cent des infections dans le monde. Il se propage également au Royaume-Uni, à Singapour, en Inde et aux Philippines, où il commence à supplanter la souche originale.
Au total, il y a trois sous-lignées du variant Omicron. La BA.3 est restée en sommeil avec seulement quelques centaines de cas détectés. Toutefois, ce qui distingue ces trois lignées, c’est le nombre de mutations uniques qu’elles possèdent, ce qui les distingue autant entre elles que les variants Alpha, Beta, Gamma et Delta sont différents les uns des autres.
Si l’on examine l’évolution de la souche de type sauvage qui est apparue pour la première fois à Wuhan, en Chine, en décembre 2019, un variant précurseur appelé le parent d’Omicron est très probablement apparu en mars 2021. On ignore encore pourquoi Omicron a ensuite fait surface en novembre 2021. Ces événements soulignent les avertissements formulés par le directeur général de l’OMS. Comme l’a écrit le Dr William Haseltine, collaborateur scientifique de Forbes, «une chose est claire: le SRAS-CoV-2 a une énorme capacité non seulement à continuer à produire de nouveaux variants, mais des variants qui nous surprennent tant par leur nombre que par leurs propriétés biologiques».
En ce qui concerne les trois sous-lignées, le Dr Haseltine a expliqué: «Les trois ont en commun 39 mutations, que nous incluons comme le “parent Omicron” présumé. Le parent Omicron a divergé dans la famille Omicron: BA.1 contient 20 mutations supplémentaires (13 uniques); BA.2 comprend 27 mutations supplémentaires (dix uniques); et BA.3, comprend 13 mutations supplémentaires (une unique). Fait remarquable, on a détecté tous les membres de la famille simultanément en Afrique du Sud, bien qu’ils aient probablement divergé à partir d’un seul variant plusieurs mois auparavant. Il s’agit d’un exemple unique de souches aussi hautement divergentes qui apparaissent simultanément dans une population».
La plupart des mutations sont situées sur la protéine de spicule du virus, qu’il utilise pour se fixer au récepteur ACE2 humain et entrer dans la cellule afin de pouvoir se reproduire. Ces mutations sur la protéine de spicule déterminent, dans une large mesure, sa transmissibilité et ses propriétés immunoévasives. Par exemple, le BA.1 s’est avéré trois fois plus transmissible que le Delta et sa capacité à résister au vaccin a montré l’importance d’obtenir un rappel. Les mutations supplémentaires et uniques de BA.2 devront faire l’objet d’une étude plus approfondie dans le monde réel.
Malgré le tsunami continu de cas Omicron aux États-Unis, selon la base de données virales GISAID, le sous-variant BA.2 est désormais présent dans 22 États du pays, dont l’Arizona, le Texas, la Californie, New York et Washington. Les scientifiques supposent qu’étant donné les taux élevés de réinfection par Omicron, cela pourrait signifier que le BA.2 pourrait être une deuxième vague qui suit rapidement.
Le Dr Anders Fomsgaard, médecin en chef et chercheur sur les virus au SSI, a déclaré: «C’est possible que l’on se trouve d’abord infecté par le BA.1 Omicron, puis peu après par le BA.2». Plusieurs cas en Norvège l’ont confirmé. Il a ajouté: «Le monde entier a les yeux rivés sur nous pour savoir ce qui se passe avec le BA.2. Il n’y a aucune explication quant à la raison pour laquelle il est arrivé au Danemark et se propage autant ici même». Outre le fait qu’il est plus contagieux, Fomsgaard avertit: «Cela se peut aussi qu’il soit plus résistant à l’immunité présente dans la population, ce qui lui permet de mieux infecter les gens. Nous ne le savons pas encore.»
(Article paru en anglais le 28 janvier 2022)