La revue Science et le magazine The Atlantic ont publié des comptes rendus d’une découverte récente de la séquence d’ADN d’un animal sauvage infecté par le SRAS-CoV-2 au marché d’animaux vivants de Huanan à Wuhan, l’épicentre de l’épidémie d’infections précoces qui a conduit à la pandémie de COVID. La Dre Florence Débarre, chercheuse principale au Centre national de la recherche scientifique en France et théoricienne en biologie évolutive, a découvert les données.

La découverte porte un coup dur à la théorie du complot selon laquelle le COVID-19 est né d’une fuite de virus génétiquement modifiés de l’Institut de virologie de Wuhan (WIV). Cela s’est appuyé, comme l’un de ses rares arguments scientifiques, sur le fait qu’aucun des animaux testés au marché de Wuhan n’avait été testé positif pour le SRAS-CoV-2. Maintenant il y en a un.

Débarre a méticuleusement étudié la question de l’origine, publié ses conclusions sur son compte Twitter et pris à partie de nombreux partisans de la théorie du complot de la «fuite de laboratoire». Elle a dit à Jon Cohen de Science qu’elle était tombée «au hasard» sur les «données de séquence jusque-là inconnues» alors qu’elle effectuait des recherches sur GISAID, l’Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire, la banque de données basée à Munich qui permet aux scientifiques de partager les résultats de la recherche sur une base de libre accès. Elle a dit qu’il a fallu plusieurs jours pour évaluer l’implication des séquences et reconnaître leur importance.

Il s’agissait de séquences d’écouvillons prélevés par les centres chinois de contrôle des maladies sur le marché d’animaux vivants après la fermeture de l’établissement le 1er janvier 2020. La séquence faisait partie de l’ADN d’un chien viverrin infecté par le SRAS-CoV-2. Ces animaux sauvages étaient connus pour avoir été vendus illégalement sur le marché et sont peut-être suspectés d’être des hôtes intermédiaires du virus, entre les chauves-souris et les humains. Cependant, les données qui ont été publiées sur GISAID ne faisaient pas partie de l’ensemble de données antérieur fourni à l’OMS ou à d’autres organismes scientifiques lors de l’enquête sur l’origine de 2021 et de la publication ultérieure intitulée «Surveillance du SRAS-CoV-2 dans l’environnement et les échantillons d’animaux du Marché de fruits de mer de Huanan.»

Débarre a d’abord contacté Kristian Andersen, virologue de l’évolution à la Scripps Clinic, en Californie, et Michael Worobey, biologiste de l’évolution à l’Université d’Arizona, pour discuter des implications des séquences.

Cependant, une fois que ces chercheurs ont tenté de contacter l’ancien chef du CDC chinois, George Gao, les données ont été supprimées du GISAID. Il se peut très bien que le travail mené par Gao et ses collègues soit en attente d’examen. Dans le domaine de la paternité scientifique, ces sujets à fort impact sont gardés secrets jusqu’au jour de la publication.

Comme le note Jon Cohen, «La prépublication de l’équipe [Gao] a récemment vu son statut sur Research Square, qui est lié à la famille de revues Nature, passer de «publié» à «en cours de révision». Les revues exigent souvent le dépôt des données avant la publication, donc une publication imminente aurait pu à l’origine inciter l’équipe de Gao à soumettre les données au GISAID.

Pourtant, étant donné les inquiétudes quant au fait que les séquences ont été supprimées et le manque de divulgation sur la raison pour laquelle elles y ont été placées et non partagées plus tôt avec l’OMS ou dans leur publication ultérieure en 2022, Débarre et ses collègues ont contacté le scientifique principal de l’OMS sur COVID, la Dre Maria Van Kerkhove, et lui a fourni l’information explosive selon laquelle des animaux sauvages du marché de Huanan avaient été infectés par le SRAS-CoV-2.

Vendredi, lors de la conférence de presse de l’OMS sur le COVID, le directeur général, le Dr Tedros Adhanom Ghebreyesus, en a fait l’objet de ses remarques liminaires. Il a déclaré: «Même si nous devenons de plus en plus optimistes quant à la fin de la pandémie, la question de savoir comment elle a commencé reste sans réponse. Dimanche dernier, l’OMS a été mise au courant de données publiées sur la base de données GISAID fin janvier et enlevées de nouveau récemment. Les données, du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies, concernent des échantillons prélevés sur le marché de Huanan à Wuhan, en 2020.»

Il a poursuivi: «Pendant qu’elles étaient en ligne, des scientifiques d’un certain nombre de pays ont téléchargé les données et les ont analysées. Dès que nous avons pris connaissance de ces données, nous avons contacté le CDC chinois et les avons exhortés à les partager avec l’OMS et la communauté scientifique internationale afin qu’elles puissent être analysées. Nous avons également convoqué le Groupe consultatif scientifique sur les origines des nouveaux agents pathogènes, ou SAGO, qui s’est réuni mardi. Nous avons demandé aux chercheurs du CDC chinois et au groupe international de scientifiques de présenter leurs analyses des données à SAGO. Ces données ne fournissent pas de réponse définitive à la question de savoir comment la pandémie a commencé, mais chaque élément de données est important pour nous rapprocher de cette réponse et chaque élément de données relatif à l’étude des origines de COVID-19 doit être partagé avec la communauté internationale immédiatement. Ces données auraient pu et auraient dû être partagées il y a trois ans.»

La question d’une origine naturelle par opposition à une fuite de laboratoire est au cœur des discussions politiques depuis la publication par une équipe internationale de virologues de renom du rapport «origine proximale du SARS-CoV-2» en mars 2020 dans Nature. Toutes les preuves depuis cette étude novatrice indiquent un débordement zoonotique dans les populations humaines alors qu’aucune donnée à ce jour n’a indiqué une éventuelle fuite de laboratoire.

En fait, de nombreux scientifiques impliqués dans la recherche originale sur l’origine du COVID, dont les Drs Débarre, Worobey et Andersen, avaient précédemment reconnu qu’ils avaient initialement cru que l’épidémie avait été causée par une fuite de laboratoire jusqu’à ce que le poids des preuves accumulées exige qu’ils acceptent l’hypothèse alternative et la plus probable, une origine naturelle.

Le plus important à cet égard était l’enquête menée par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et la Chine en 2021 sur la question de l’origine, qui révéla qu’un nombre important de cas précoces de COVID qui furent soignés dans les hôpitaux régionaux en décembre 2019 étaient liés au marché et non au WIV.

Ceux-ci ont ensuite été corroborés par des études menées par les scientifiques Michael Worobey, Kristian Andersen et d’autres dans leurs études épidémiologiques et phylogénétiques utilisant les données de l’OMS. La plupart des cas, qu’ils aient ou non des liens personnels avec qui que ce soit sur le marché, étaient néanmoins géographiquement liés à celui-ci. En d’autres termes, ce fut leur proximité avec le marché qui a conduit à leur infection.

De plus, les deux lignées du virus (également toutes deux liées au marché de fruits de mer de Huanan) qui avaient été séquencées à ce moment-là n’avaient pas de version intermédiaire précédente, ce qui signifie qu’au moins deux débordements distincts doivent s’être produits dans la région du marché qui ont finalement parvenu à provoquer une épidémie soutenue d’infections qui a commencé à se propager à Wuhan à la fin de l’hiver 2019.

De plus, il est révélateur qu’il n’y avait aucun lien entre le personnel ou les employés du WIV et le SRAS-CoV-2 et qu’aucun des premiers cas n’était géographiquement lié à l’institut, ce qui aurait soutenu une hypothèse de fuite de laboratoire. Peut-être une question encore plus convaincante à poser aux conspirateurs: quelle est la probabilité que deux versions différentes du virus hébergées au WIV aient fuité à quelques semaines d’intervalle parvenant au même marché d’animaux vivants qui emploie 1500 personnes dans une ville de 11 millions d’habitants de la taille de Londres.

L’identification d’un chien viverrin infecté au marché de Huanan a un impact politique considérable à l’heure actuelle.

Le 8 mars 2023, alors que les membres du Congrès républicain et démocrate tenaient des audiences sur l’origine du COVID pour légitimer politiquement leurs allégations de complot de fuite de laboratoire, l’article d’opinion du Dr Michael Worobey a été publié dans le Los Angeles Times, fournissant un compte rendu lucide et approfondi sur les mérites scientifiques de l’origine naturelle du COVID et de son émergence au marché de fruits de mer de Huanan.

Worobey est professeur et chef du département d’écologie et de biologie évolutive à l’Université de l’Arizona qui a consacré ses travaux récents à la question de l’origine du virus. Vers la fin de son rapport, il a écrit: «Il existe maintenant un grand nombre de recherches scientifiques évaluées par des pairs compatibles avec une origine zoonotique de cette pandémie. Cependant, aucune recherche crédible et évaluée par des pairs n’indique une fuite de laboratoire. Si les preuves étaient allées dans l’autre sens, je le rapporterais. Mais ce n’est pas le cas. La «preuve» en faveur d’une fuite de laboratoire consiste fondamentalement en des sujets de discussion discrédités. L’absence d’échantillon positif d’un animal vendu sur le marché de Huanan, par exemple, est censée saper l’hypothèse du marché comme origine. Mais pas un seul animal vivant pertinent n’y a été testé avant la fermeture du marché.»

En un peu plus d’une semaine après le compte rendu de Worobey, la séquence montrant qu’un animal sauvage était infecté par le SRAS-CoV-2 a fait la une des journaux.

(Article paru en anglais le 20 mars 2023)