La deuxième partie peut être consultée ici, et la troisième partie, ici.
«Comment diable puis-je fournir des preuves quand il n’y en a aucune? Je ne sais pas comment le monde en est arrivé là, à salir constamment un scientifique innocent», a déclaré la Dre Shi Zhengli au New York Times la semaine dernière à propos des spéculations des médias selon lesquelles le virus à l’origine de la pandémie COVID-19 se serait échappé de son laboratoire.
La Dre Shi est directrice du Centre des maladies infectieuses émergentes de l’Institut de virologie de Wuhan (WIV) situé dans le district de Jianxia de la ville de Wuhan, l’épicentre des allégations de «fuite de laboratoire». Elle a consacré ses efforts à l’analyse des virus de la famille du SRAS qui ont déclenché une pandémie en 2002, afin de protéger l’humanité contre une future pandémie. Ses travaux sur les coronavirus (CoV) ont été essentiels pour comprendre le potentiel pandémique de ces agents pathogènes.
En effet, les recherches qu’elle a menées pendant dix ans sur les virus liés aux chauves-souris et son travail pour constituer la plus grande base de données au monde sur ces virus ont été essentiels pour identifier rapidement le nouveau coronavirus à l’origine des pneumonies inhabituelles à Wuhan en décembre 2019. Comme l’a noté le South China Morning Post en février 2020, «son travail a donné une longueur d’avance à la communauté des chercheurs scientifiques pour comprendre l’origine du nouveau virus.» Pourtant, elle a été jetée dans un maelström de théories du complot qui affirment avec insistance que le virus provient du laboratoire de Wuhan.
Plus d’un an après le début de la pandémie, ces théories sans fondement sont véhiculées par la presse bourgeoise dans le cadre d’une campagne internationale coordonnée qui vise à masquer la responsabilité des élites au pouvoir dans la réponse désastreuse à la pandémie en faisant porter le blâme au gouvernement et aux scientifiques chinois.
Le 29 mai 2021, le World Socialist Web Site a écrit: «L’affirmation que le virus proviendrait d’un laboratoire chinois n’a aucun fondement factuel ou scientifique. À ce jour, la seule preuve présentée par la Maison-Blanche, les agences de renseignement et les médias pour étayer leur affirmation est que des employés de l’Institut de virologie de Wuhan sont tombés malades fin 2020 avec des symptômes qu’un rapport du département d’État reconnait être “cohérents avec… des maladies saisonnières communes”».
La question posée ci-dessus par la Dre Shi place le problème dans son contexte approprié. La charge de la preuve est inversée, de sorte que l’accusé doit démontrer son innocence. De plus, comme dans le cas du canular des «armes de destruction massive» avancé par le gouvernement Bush-Cheney avant l’invasion américaine de l’Irak en 2003, l’accusé est appelé à prouver un élément négatif: en 2003, l’inexistence d’armes en Irak, en 2021, l’inexistence d’un programme à Wuhan pour concevoir un virus mortel.
Le WSWS a déjà documenté les origines du récit de la «fuite du laboratoire» comme étant une fabrication de l’extrême droite américaine promue par le président Donald Trump, son proche conseiller Steve Bannon et des «dissidents» multimillionnaires anti-Pékin. L’objectif a été de faire basculer l’opinion publique et d’ouvrir la voie à une agression américaine contre la Chine, pouvant aller jusqu’à une guerre totale. Cela a impliqué une attaque en règle contre la science et les scientifiques, qui rejettent et réfutent largement les allégations de «fuite de laboratoire».
Une enquête menée par Morning Consult ce mois-ci suggère que près de la moitié des Américains croient désormais que le virus responsable du COVID-19 provient d’une fuite du laboratoire de Wuhan, ce qui indique que les clameurs incessantes des médias et des politiciens des deux partis ont eu l’effet escompté sur l’opinion publique.
L’objectif de cette série est de fournir un compte rendu de ce que les experts en virologie disent réellement sur la question et de ce que la science montre réellement sur les affirmations selon lesquelles le laboratoire de Wuhan est la source du coronavirus. Cela implique de citer abondamment des rapports scientifiques et des communications entre scientifiques, et l’auteur demande donc d’avance au lecteur de faire preuve de patience et de faire de son mieux pour suivre les détails complexes.
L’enquête la plus complète sur cette question a été présentée par l’Organisation mondiale de la santé dans son rapport de phase 1, en février 2021, sur l’origine du virus, qui a été mené par 17 experts internationaux. Ils ont affirmé sans ambages qu’une fuite de laboratoire était «extrêmement improbable».
Le professeur Dominic Dwyer, un microbiologiste de la Nouvelle-Galles-du-Sud, en Australie, et l’un des membres de l’équipe, a identifié une faiblesse cruciale dans la théorie de la conspiration, déclarant au Sydney Morning Herald: «La fuite du laboratoire, pour que ce soit l’origine… signifie qu’ils devaient avoir le virus au départ, et nous n’en avons pas la preuve…»
En fait, en janvier 2020, après qu’il a eu un premier aperçu de la séquence génétique du virus SRAS-CoV-2 et qu’il a noté des caractéristiques inhabituelles dans sa composition, le célèbre virologue évolutionniste, Kristian Andersen, du Scripps Research Institute de La Jolla, en Californie, et ses collègues ont envisagé la possibilité que le virus ait pu être conçu en laboratoire.
Toutefois, après un examen et une analyse approfondis, l’équipe a conclu que le virus était issu de la nature. Les discussions qu’ils ont menées lors de ces premières investigations ont fourni le contexte des courriels du Dr Anthony Fauci qui ont récemment été rendus publics, hors de leur contexte, à des fins politiques. Nous y reviendrons plus tard.
Pour étayer leur affirmation selon laquelle les Chinois avaient fabriqué le virus du SRAS-CoV-2 et l’avaient diffusé accidentellement ou délibérément, le New York Times, le Washington Post et le Wall Street Journal se sont tournés vers les écrits de Nicholas Wade. Son évaluation des faits concernant l’origine du SRAS-CoV-2, publiée dans le Bulletin of the Atomic Scientists le 5 mai, a été utilisée pour donner un minimum de crédibilité à ce dangereux canular politique.
Le WSWS a précédemment détaillé les antécédents de Wade en tant que journaliste scientifique, et non pas un scientifique, et sa défense de positions d’extrême droite, y compris un livre de 2014 qui soutenait les différences génétiques d’intelligence entre les «races», qui a été largement condamné par les scientifiques, bien que salué dans les cercles néonazis.
Nous aborderons les principales questions soulevées par Wade au cours de son long article, même s’il convient de souligner qu’il commence son traité en admettant qu’aucune preuve directe n’existe pour soutenir la théorie de la fuite en laboratoire. Ce seul fait aurait dû suffire aux rédacteurs pour rejeter la publication de son article, si ce n’était du programme politique qu’il sert.
Le rapport de «l’Origine proximale»
Wade s’en prend au Dr Andersen et à ses collègues pour leur travail initial qui s’intitule: «The Proximal Origin of SARS-CoV-2», publié dans la revue réputée Nature Medicine, où ils expliquent pourquoi les preuves indiquent l’émergence du virus dans la nature. Il ne fait guère plus que prétendre que leurs conclusions sont «forcées» et «inventées», sans réellement réfuter la base scientifique de leurs arguments.
Il rejette l’étude, disant qu’il s’agit d’une «lettre, en d’autres termes un article d’opinion, et non un article scientifique», bien qu’il serait plus correct de décrire le travail comme un rapport intermédiaire. L’analyse très technique de 2.300 mots est publiée sous le titre «Correspondance», mais avec cinq scientifiques comme coauteurs et 30 références en note de bas de page. (Une revue de physique moderne très respectée s’intitule Physical Review Letters, ce qui montre bien comment le terme «lettres» est utilisé pour décrire des évaluations scientifiques).
Le document d’Andersen explore trois théories alternatives de l’origine du SRAS-CoV-2, dont la sélection naturelle chez un hôte animal, suivie d’un transfert à l’homme; le transfert de l’animal à l’homme suivi d’une sélection naturelle chez l’homme; et la création en laboratoire par le processus connu sous le nom de «sélection pendant le passage», c’est-à-dire le passage répété du virus dans des cellules en laboratoire pendant que le virus est manipulé pour qu’il acquière de nouvelles caractéristiques.
Les auteurs concluent que des études complémentaires sont nécessaires pour déterminer lequel des deux processus de sélection naturelle est le plus probable, tandis que l’origine en laboratoire est extrêmement improbable, notamment parce que le virus présente des caractéristiques qui nécessitent un développement sous la pression d’un système immunitaire: en d’autres termes, il a dû se développer et muter au sein d’un organisme vivant. Pour qu’un laboratoire puisse simuler l’environnement naturel dans une mesure suffisante pour générer les mutations à l’origine du SRAS-CoV-2, un scientifique a fait remarquer plus tard qu’on devrait utiliser tellement d’animaux que l’Institut de virologie de Wuhan pourrait ouvrir son propre zoo.
Tout au long de cet article volumineux, Wade fait des affirmations scientifiques qui révèlent son manque total de compréhension de l’analyse effectuée et de ses implications. Il mise sur le manque de familiarité de ses lecteurs avec les détails scientifiques pour masquer le fait qu’il évite les vraies questions, tout en dénigrant les motivations des scientifiques qui soutiennent les origines naturelles du SRAS-CoV-2. Et il n’aurait apparemment jamais contacté la Dre Shi Zhengli pour lui parler de la nature de son travail et de ses études.
Wade fait semblant d’envisager deux théories alternatives, qu’il présente comme initialement aussi probable l’une de l’autre: soit le coronavirus a une origine naturelle, soit on l’a développé dans le laboratoire de Wuhan. En réalité, il manipule les faits, affirmant que la seule preuve d’une origine naturelle se trouve dans les déclarations faites par des groupes de scientifiques au début de la pandémie, alors que toutes les preuves empiriques développées depuis lors vont dans le sens contraire, en faveur d’une fuite en laboratoire.
En particulier, Wade et d’autres défenseurs de la théorie de la «fuite en laboratoire» citent l’existence de ce qu’on appelle le site de clivage de la furine, un point sur la protéine de spicule du SRAS-CoV-2 où la protéine peut plus facilement se diviser pour mieux envahir les cellules humaines. Ils affirment (à tort) que ce site n’existe pas dans les autres coronavirus présents dans la nature et qu’il a donc dû être introduit par génie génétique.
Il est intéressant d’examiner comment les docteurs Shi et Andersen défendent leurs travaux, en faisant référence à leurs explications réelles de l’émergence du SRAS-CoV-2, ce que Wade ne fait jamais. Nous examinerons également comment d’autres scientifiques dans le domaine de la virologie considèrent les travaux de Shi et Andersen, et ce qu’ils pensent des affirmations de la théorie de la «fuite en laboratoire».
La Dre Shi Zhengli
Le 3 février 2020, la Dre Shi Zhengli et ses collègues publient la première étude approfondie sur le nouveau CoV dans la revue Nature, ils rendent compte de leur enquête initiale et ils décrivent la séquence génomique complète du nouveau CoV, initialement appelé 2019-nCoV, puis baptisé SARS-CoV-2.
Leur article décrit la réception d’échantillons qui provenaient du tissu pulmonaire de sept patients gravement malades admis aux soins intensifs de l’hôpital Jin Yin-Tan de Wuhan, dont six travaillaient au marché des fruits de mer de Hunan. Selon Shi, ils ont reçu les échantillons le 31 décembre 2019 et, le 2 janvier 2020, son équipe avait identifié l’agent pathogène responsable, un nouveau coronavirus. Elle a ajouté qu’une recherche «exhaustive» des coronavirus dans la banque de données de son laboratoire n’a pas démontré de séquences correspondantes.
Il est à noter que plusieurs laboratoires, dont le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies, ont tous vérifié de manière indépendante la séquence génétique du nouveau CoV au cours de la première semaine de janvier 2020. L’un de ces chercheurs, le célèbre virologue Zhang Yongzen, et son équipe de la Clinique de santé publique de Shanghai, frustrés par les retards des autorités chinoises, ont publié la séquence le 11 janvier 2020 sur le site virological.org, donnant ainsi un premier aperçu au reste du monde du portrait génétique du CoV SRAS-2.
Dans les conclusions de l’équipe de Shi, cinq des sept échantillons étaient positifs pour l’infection par le coronavirus lors du premier prélèvement, en utilisant le test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) qui est maintenant utilisé dans le monde entier. Les séquences génomiques d’un des échantillons ont été analysées et 87,1 pour cent des séquences correspondaient à celles des coronavirus apparentés au SRAS précédemment étudiés.
Ils ont confirmé également que le nouveau coronavirus et le CoV SRAS original détecté en 2002 partageaient près de 80 pour cent de leurs séquences nucléotidiques, ainsi que 94,4 pour cent des séquences d’acides aminés qui constituent les protéines nécessaires à son cycle de vie, ce qui suggère que les deux appartiennent à la même espèce.
En outre, Dre Shi et ses collègues ont découvert qu’un coronavirus de chauve-souris connu sous le nom de RaTG13 présentait une similitude avec le coronavirus SRAS-CoV-2. Des restes du matériel génétique du RaTG13, mais pas le virus vivant, avaient été découverts dans une grotte habitée par la chauve-souris Rhinolophus affinis dans la ville de Tong-guan, dans le comté de Mojiang, dans la province du Yunnan, en 2013. (Cette source explique l’acronyme du virus: Rhinolophus affinis Tong-Guan 2013 est devenu RaTG13, tout comme COrona VIrus Disease 2019 est devenu COVID-19).
Ils ont procédé au séquençage complet du RaTG13, et ont constaté que la séquence génomique globale correspondait à 96,2 pour cent à celle du SRAS-CoV-2. Cependant, le coronavirus de la chauve-souris ne possède pas le site de clivage de la furine que possède le virus du SRAS-CoV-2, ce qui a été un point de discorde chez les promoteurs de la théorie de la fuite en laboratoire. Shi et son équipe ont conclu que «RaTG13 est le parent le plus proche du 2019-nCoV, et qu’il forme une lignée distincte des autres CoV liés au SRAS».
Conscients de la nécessité cruciale de mettre au point des tests de diagnostic pour identifier les patients infectés, ils ont conçu la première méthode unique de détection par PCR du nouveau coronavirus, utilisant des séquences du domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de spicule. Ils ont également mis en garde contre la possibilité de transmission de la maladie par voie aérienne.
Parmi les autres contributions essentielles de cette étude, citons la documentation de la disparition de l’infection après la guérison des patients, suivie d’une réponse anticorps robuste au coronavirus dans leur système immunitaire. Ils ont également isolé le virus en utilisant des lignées cellulaires humaines provenant de l’un des premiers patients. Des études d’infectiosité ont été menées et ont démontré que le nouveau coronavirus, comme le SRAS-CoV-1 original de 2002, utilisait les récepteurs ACE2 des cellules hôtes (l’acronyme signifie enzyme de conversion de l’angiotensine II) pour y pénétrer.
La Dre Shi a donné une longue interview réalisée par le rédacteur Jon Cohen pour Science Magazine le 31 juillet 2020 où elle a donné un aperçu de ses premiers travaux sur le virus SRAS-CoV-2 et parlé des inquiétudes soulevées à l’époque quant à une éventuelle fuite en laboratoire et des expériences clandestines de gain de fonction. (Les expériences de gain de fonction, un autre cheval de bataille des partisans de la «fuite de laboratoire», visent à déterminer les différentes façons dont un virus peut renforcer son pouvoir infectieux afin d’anticiper le développement futur d’agents pathogènes dangereux).
La Dre Shi a reconnu de nombreux éléments qui ont été corroborés de manière indépendante, notamment le fait que tous les patients ne pouvaient pas être rattachés au marché des fruits de mer d’Hunan. Bien que des restes du virus SRAS-COV-2 aient été détectés sur les surfaces du marché, aucun virus vivant n’a été trouvé dans les aliments froids ou les animaux du marché.
Elle a écrit: «D’après les conclusions de notre équipe et de nos homologues internationaux, il est très probable que le SRAS-CoV-2 provienne des chauves-souris. Il peut avoir évolué chez un ou plusieurs hôtes intermédiaires, s’être adapté à l’homme et s’être finalement répandu parmi les humains. Cependant, on ne sait toujours pas quels animaux étaient les hôtes intermédiaires et comment il s’est propagé chez l’homme». L’hôte intermédiaire reste encore à déterminer.
La question suivante a été posée par Cohen:
De nombreux scientifiques qui ont analysé la séquence du SRAS-CoV-2 ont conclu qu’il n’avait pas la signature d’un virus fabriqué en laboratoire. Mais même certains de ces chercheurs affirment qu’il reste possible que le SRAS-CoV-2 ait existé dans votre laboratoire et ait accidentellement infecté un travailleur de laboratoire. Ils notent que plusieurs laboratoires ont connu des infections accidentelles par le virus à l’origine du SRAS. Comment pouvez-vous donc écarter cette possibilité?
L’infirmière Debbi Hinderliter (à gauche) prélève un échantillon sur une femme dans un site de dépistage du coronavirus près du poste-frontière piéton le plus fréquenté du pays, le 13 août 2020, à San Diego (Photo: AP Photo/Gregory Bull)
La Dre Shi a expliqué:
… les recherches et les expériences menées dans notre institut sont strictement conformes aux exigences internationales et nationales de gestion des laboratoires de biosécurité et les activités expérimentales, qui sont menées dans les laboratoires de biosécurité requis. Les installations et la gestion des laboratoires P3 et P4 sont très strictes. Par exemple, le personnel de recherche doit porter des équipements de protection individuelle. L’air du laboratoire ne peut être évacué qu’après une filtration très efficace. Les eaux usées et les déchets solides doivent être stérilisés à haute température et sous haute pression. L’ensemble du processus des activités expérimentales fait l’objet d’une surveillance vidéo par le personnel chargé de la gestion de la biosécurité. Chaque année, les installations et les équipements du laboratoire doivent être testés par une institution tierce autorisée par le gouvernement. Ce n’est qu’après avoir réussi le test que le laboratoire peut continuer à fonctionner. Les laboratoires de biosécurité de haut niveau de notre institut sont gérés de manière sûre et stable. À ce jour, ni fuite d’agents pathogènes ni accident d’infection du personnel n’ont eu lieu.
À la question de savoir si des virus de chauve-souris étaient cultivés au laboratoire de Wuhan, elle a répondu: «Nous n’avons isolé que trois souches de coronavirus vivants liés au SRAS (SARSr-CoV) chez des chauves-souris, qui partageaient 95 à 96 pour cent de similitude de séquence génomique avec le SARS-CoV et moins de 80 pour cent de similitude avec le SARS-CoV-2. Les résultats ont été publiés dans Nature en 2013, dans le Journal of Virology en 2016 et dans PLoS Pathogens en 2017, respectivement».
Pour replacer cela dans son contexte, les humains et les porcs ont un génome commun à 84 %. Les virus de chauve-souris stockés au laboratoire de Wuhan étaient moins similaires, génétiquement parlant, au SRAS-CoV-2, qu'un porc ne l'est à un être humain. Pourtant, dans les écrits de Nicholas Wade et d'autres propagandistes de droite, la transformation des virus de chauve-souris stockés au laboratoire en virus responsable du COVID-19 est présentée comme étant tout à fait dans les cordes des scientifiques chinois.
De plus, les travaux sur les virus des chauves-souris au WIV étaient documentés et rendus publics par le biais de revues professionnelles qui sont évaluées par des pairs et suivies de près par les experts du domaine dans le monde entier. Ces travaux prenaient énormément de temps et nécessitaient une approche d’équipe sans précédent, où plusieurs groupes de plusieurs laboratoires dans de nombreux pays partageaient des informations sur l’avancement de leur travail collectif.
La Dre Shi a expliqué que les travaux réalisés étaient liés aux virus semblables au SRAS, indiquant que leurs préoccupations concernaient l’émergence du SRAS-CoV-1 ou de virus semblables. Leur travail avait pour but de comprendre comment le SRAS original est apparu en 2002 et de faire face à la menace qu’il représentait en tant qu’agent pathogène pandémique. Le SRAS-CoV-2 s’est considérablement écarté de ces virus apparentés au SRAS.
Elle a également mentionné que tous les étudiants et le personnel qui travaillent au laboratoire de Wuhan ont soumis des échantillons de sang au début de l’épidémie, et aucune infection n’a été détectée. Ils ont également testé les 2.007 échantillons de CoV qu’ils détenaient dans leurs banques d’échantillons viraux. Aucun ne correspondait au SARS-COV-2, la séquence du gène RaTG13 étant la plus proche.
En conclusion, la Dre Shi a déclaré: «Au cours des 20 dernières années, les coronavirus ont perturbé et affecté les vies humaines et les économies. J’aimerais ici lancer un appel à la communauté internationale pour qu’elle renforce la coopération internationale en matière de recherche sur les origines des virus émergents. J’espère que les scientifiques du monde entier pourront se serrer les coudes et travailler ensemble. L’objectif de la recherche de l’origine d’un virus est de prévenir la réapparition d’épidémies similaires qui porteront préjudice à la société humaine. De cette manière, nous pouvons réagir plus efficacement lorsqu’une épidémie se produit».
À suivre…
(Article paru en anglais le 19 juin 2021)