20 января 1969 года более 8 тысяч полицейских спецназовцев прибыли в кампус Токийского университета по просьбе университетских властей, чтобы сокрушить студенческую оккупацию университетских зданий. Применив против протестующих студентов слезоточивый газ, сбрасывавшийся с вертолета, а также водометы, полиции удалось освободить главное здание университета после двухдневной осады. Более 500 студентов были арестованы; 200 полицейских и 30 студентов получили ранения во время столкновений.
Силовой разгон студенческих протестов стал кульминацией годичной студенческой забастовки в Токийском университете, одном из самых престижных академических учреждений Японии. В ходе столкновений многие здания, а также важные исторические документы и архивы были разрушены или повреждены. Администрация кампуса дала обещание возобновить занятия в апреле, уточнив, что потребуется много месяцев, чтобы восстановить нанесенный ущерб.
В то же время полиция выдворила из района Канда, токийского Латинского квартала, расположенного недалеко от центра города, около 1,5 тысяч студентов, принимавших участие в протестах. Защищаясь от полиции, студенты разобрали тротуар и построили баррикады, и затем полдня оборонялись, прежде чем полиция заставила их покинуть квартал.
Известно, что организатором оккупации университетских зданий стала ориентированная на маоизм студенческая группа Kyodo Kaigi. Однако молодежная группа Musei, сторонница промосковской Компартии Японии, выступила против этой акции. Сама забастовка началась с протестов студентов-медиков, которые выступили против новых правил, введенных руководством учебного заведения. Протесты приобрели боле широкий размах, включив в себя другие слои студентов. Они обвиняли университетскую администрацию в защите интересов крошечной элиты, а не масс молодежи.
Студенческая забастовка послужила фокусом для протестов по широкому кругу вопросов, например, по поводу войны во Вьетнаме и влияния Соединенных Штатов на политику правительства Японии. Прибытие в Японию американского атомного авианосца «Энтерпрайз» послужило поводом для одной из крупнейших студенческих демонстраций в 1968 году.
Лидеры студенческого движения пообещали организовать еще большие протесты в наступающем году, поскольку приближалась дата возобновления японско-американского договора о безопасности, предусматривавшего сохранение военных баз США на японской территории.
После студенческой оккупации Токийского университета и других студенческих демонстраций правительство Японии решило ужесточить внутренний распорядок в учебных заведениях и приняло «Закон об управлении университетами». Драконовское законодательство дало полиции больше полномочий для вмешательства в жизнь студентов в университетских городках и подавления антивоенной деятельности.